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蔬菜所与福建省农科院食用菌研究所合作完成白肉灵芝全基因组研究

时间:2022-09-16 17:10 来源:蔬菜所 【字体:

  近日,我院蔬菜所何焕清研究员团队与福建省农业科学院食用菌研究所陈体强研究员团队合作完成白肉灵芝Ganoderma leucocontextum strain H4的全基因组测序、组装与注释分析。该项目从双核菌丝体提取高质量的总DNA,采用Nanopore三代测序,组装得到的基因组由66条无gap的Scaffold构成,序列总长54.027Mb;用于组装纠正的二代测序数据(5,800Mb,Illumina Hiseq)覆盖率达98.98%,BUSCO评估基因组完整性 BUSCOs (C) 比例达97.62%;该基因组编码16,257个基因,目前获得功能注释的基因总数达14,189(总注释率87.28%)。

  白肉灵芝原产于中国西南川藏高原地区的重要灵芝种类,为灵芝复合种(G. lucidum complex)的新成员。2016年,我院蔬菜所开始在西藏林芝地区的白肉灵芝示范基地进行段木种植与代料袋栽试验,选育得到H4等栽培菌株。2021年11月,广东省微生物研究所发表了第一个白肉灵芝单核化菌株DH-8的单倍体基因组,序列总长为50.05Mb,由58条Scaffolds构成,预测到13,390个基因,基因组BUSCOs完整率为96.55%,(https://doi.org/10.1093/g3journal/jkab337);NCBI数据库显示该基因组大小为49.523Mb(GenBank: GCA_020736865.1),相当于本研究完成的白肉灵芝基因组的单倍体长度49.2Mb(Genome Scope评估)。本次合作完成的白肉灵芝基因组为后续开展中国栽培灵芝的比较基因组学分析与白肉灵芝特有基因家族的挖掘与利用奠定基础。

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